Arroyo Seco se consideró de ocupación huasteca en la época del clásico mesoamericano, que posteriormente fueron conquistados por los chichimecas, sin embargo; el imperio azteca inició la ocupación del territorio entre los años 1400 a 1470, sirviendo como pueblo tributario, dicha condición prevaleció hasta la caída del imperio mexica a manos de los españoles a mediados del siglo XVI.
La primera población de españoles que se instituyó en la comarca fue la hacienda de San Nicolás Concá en 1533, la cual se extendió por una gran parte de la Sierra Gorda y territorios que actualmente pertenecen al estado de San Luis. Para 1587 los agustinos comenzaron con la tarea evangelizadora en Concá, adoctrinando la resistencia de los pames, en ese sentido para el año 1601, Fray Lucas de los Ángeles realizó una gira por la región bautizando a 8 indígenas, siendo un parteaguas para la conversión cristiana del territorio.
En la revolución mexicana, el municipio tuvo un papel notorio en 1918, cuando en los terrenos de la hacienda de Concá se llevó a cabo un enfrentamiento entre el general Saturnino Cedillo y el coronel Marcial Cevallos, quien fue auxiliado por defensas sociales de la Sierra. Cedillo previamente había invadido Arroyo Seco en 1917, haciendo matanzas de personas inocentes, saqueando entre otros hechos que perjudicaron a la población civil.
