Fue el primer templo religioso que se construyó en Querétaro, iniciando su construcción entre 1550 y 1598. Además del templo, el convento contaba con un huerto, un gran atrio que funcionaba como cementerio, y otras capillas las cuales fueron demolidas durante la Reforma. El templo fungió como catedral de Querétaro entre 1856 y 1922.
A lo largo de los años ha recibido múltiples restauraciones, y en 1934 una parte del convento se destinó para ser museo, conocido actualmente como “Museo Regional de Querétaro”.
Fue el 4 de diciembre de 1928 cuando el inmueble se entregó al gobierno del estado para establecer un Museo de Arte Religioso Colonial y una Escuela de Artes y Oficios. En 1935, fue otorgado a la Secretaría de Educación Pública. Un personaje esencial es Don Germán Patiño, a quien se debe la iniciativa de reunir los primeros trabajos de protección del patrimonio Queretano, de esta manera después de un desarrollo cultural abre sus puertas el Museo Regional en 1936.
Más tarde en 1939 año de la fundación del Instituto Nacional de Antropología e Historia, pasó a formar parte de él, convirtiéndose en un recinto de administración federal.
El origen de la colección del Museo Regional de Querétaro se remonta a la primera década del siglo XX, durante la administración del gobernador porfirista Francisco González de Cosío, cuando una colección de pinturas, proveniente de la Academia de San Carlos, fue donada en 1910 a la Academia de Bellas Artes. Dicha colección constaba de piezas de grandes maestros de la pintura novohispana del siglo XVII y XVIII como Baltasar de Echave, Cabrera y Rodríguez Juárez entre otros.
Esta colección junto con piezas de templos y bibliotecas conventuales, conformaron el acervo del Museo Regional de Querétaro, fundado. Actualmente está formada por muebles, cerámicas, indumentaria, pinturas, fotografías, documentos, armas y esculturas, entre otros, a través de las cuales se cuenta la historia de Querétaro y de México.
