Más allá de las calles coloniales, Querétaro tiene un lado prehispánico que también asombra y encanta a los visitantes, se trata de sus zonas arqueológicas a lo largo y ancho del estado.
Toluquilla: Aquí vivían los sacerdotes y las personas relacionadas al culto. Su organización social fue jerárquica y se especializo en la obtención de pigmentos minerales. Se encuentra a 93 km al noroeste de Tequisquiapan por carretera 120, a la derecha en el km 60 rumbo a San Joaquín, finalmente dar vuelta a la derecha en km. 16.
Ranas: Fue construido estratégicamente para controlar los accesos, es un sitio vinculado a la minería, al cinabrio, en particular. En el sitio se encuentran 14 bocamidas prehispánicas. Se encuentra a 86km al noroeste de Tequisquiapan por la carretera 120, desviación a la derecha en km 60 (rumbo a San Joaquín).
Tancama: En el solsticio de invierno, el Sol se alinea con la cima del Cerro Alto, una colina artificial que fue creada en la época prehispánica. Cronología: 200 a 900 d.C. Se encuentra a a 13 km de la cabecera municipal y Delegación Municipal Rincón de Tancama; para llegar se debe tomar la carretera federal que va de Jalpan hacia Landa de Matamoros, desviándose en carrera de Tancama.
El Cerrito: Su época de mayor importancia fue como centro regional vinculado con la expansión Tolteca. Después se convirtió en lugar de culto entre las etnias locales (Otomíes, Purépechas y Chichimecas). Ubicación: Hidalgo s/n, Col. El Pueblito.
